中醫古籍出版社由中國中醫研究院主辦，主要出版中醫古籍及研究中醫古籍的著作，承擔國家搶救行將失傳的有價值的中醫孤本、善本、珍本古籍的復制影印任務，同時也出版中醫理論、臨證各科、中藥、方劑針灸、養生等著作以及中醫藥工具書、中醫藥教材、醫學科普讀物等。

中國中醫藥典籍開展了系統的現代整理出版工程，推出了《中醫珍本叢書》、《珍本醫籍叢刊》、《影印文淵閣四庫全書醫家類》、《北京大學圖書館館藏善本醫書》等大型中醫古籍叢書，其中有大量險些流散的中醫孤本、善本、珍本古籍。

近10年來，中醫古籍出版社印制、發行中醫藥古籍、中醫藥古籍研究、中醫藥臨床研究、中醫藥教材和工具書以及中西醫結合科研、臨床、教學圖書，醫學科普圖書5000余種、約3500萬冊。一些重要的學術、專業圖書獲得全國古籍整理二等獎，全國優秀科技圖書獎二、三等獎，中華中醫藥學會學術著作二、三等獎等部級獎勵。2010年，又榮獲第二屆中國出版政府獎圖書獎提名獎。