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摘要：目的 研究深圳地區腸道病毒71型VP1基因變異趨勢.方法 用腸道病毒71型特異性引物進行RT-PCR,并對EV71的VP1進行擴增,所得的序列與腸道病毒71型A、B、C基因型代表株的核苷酸序列比較,用DNA Star、BioEdit和Mega 3.1軟件進行系統進化分析.結果 35株病毒間VP1核苷酸同源性為92.1%-100%,它們與A、B基因型代表株VP1區核苷酸同源性差異較大,為81.4%-91.1%,與C4基因型代表株接近,其核苷酸同源性在93%-97.4%之間.1998-2004年深圳地區EV71主要流行株為C4b亞型,從2003年開始逐步向C4a亞型過渡,至2006年已全部變遷為C4a亞型,且從2003年至2008年,深圳地區EV71 C4a株與安徽阜陽株FY23的核苷酸的同源性分別為：94.5%-94.7%,95.7%-95.8%,96.2%,95.4%-97.5%,96.3%-99.2%,有逐年增高的趨勢.2006年兩株EV71和2008年EV71代表株核苷酸序列在VP1區的第66位點,均由A→C,從而導致VP1區氨基酸的第22位點由谷酰胺變為組氨酸（Q→H）.結論 深圳地區EV71流行株逐漸由C4b亞型向C4a亞型演變,2006年部分EV71及2008年EV71 VP1第66核苷酸位點發生有義突變.