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骨肉瘤細胞環狀RNA差異表達分析

陳高揚; 王慶宇; 李照彥; 楊麒巍; 杜珍武; 張桂珍; 宋旸 吉林大學第二醫院骨科醫學中心; 長春130041
  • 環狀rna
  • 骨肉瘤
  • 表達譜
  • 生物信息學分析

摘要:目的骨肉瘤是一類發生于骨間葉組織的惡性腫瘤,惡性程度高。當前其發病的具體分子機制尚不明確且受多種因素影響。環狀RNA(circRNA)已被證實在多種疾病中發揮重要的調控作用,可以通過分子海綿機制吸附miRNA進而調控關鍵基因表達。本研究擬通過查找骨肉瘤circRNA表達譜芯片,并分析差異表達circRNA及其潛在調控機制,預測其在骨肉瘤發生發展過程中的作用。方法通過GEO數據庫查找circRNA芯片表達譜,通過GEO2R對芯片進行差異表達分析,對篩選出的上調和下調表達最明顯的circRNA各5個做內源競爭性RNA調控網絡圖,預測出潛在靶mRNA,并應用生物信息學分析方法分析了這些靶mRNA的功能富集情況。結果在骨肉瘤circRNA表達譜芯片(GSE96964)結果中,有110個明顯差異表達的circRNA,包括8個明顯上調和102個明顯下調的circRNA,通過位點預測網站,在5個上調最明顯的circRNA下游預測出127個mRNA,5個下調最明顯circRNA下游預測出158個mRNA。OMICSbean分析結果顯示,這些基因所富集的通路與骨肉瘤的發生發展有密切關系。結論本研究篩選出的110個明顯差異表達circRNA不僅可以作為骨肉瘤診斷與治療的分子標志物,而且在骨肉瘤的發生發展過程中有潛在的調控作用。

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