云南科技出版社由云南出版集團有限責任公司主辦，出版的圖書以專業學術類圖書為核心（生物科學、環境科學、有色金屬、地震研究、醫藥科研等），以“三農圖書”為支柱，以云茶、云花、云煙、云寶、云藥、禁毒防艾類圖書為市場品牌的出書結構。

云南科技出版社有限責任公司以堅持提高圖書質量為中心，成立了圖書質量領導小組，下設圖書質量監督部。出臺了相關的圖書質量保障體系規章制度，責任編輯發稿前簽訂編輯圖書質量保證書，堅持圖書出版“三校一讀”制，使全社圖書質量逐年上升。

云南科技出版社把出版好“三農”圖書作為神圣職責，從運作機制上給予扶持，三農圖書的內容突出地方特色，現階段可供“三農”圖書品種400多種，10多個系列，在云南省形成了品牌效應。其中《農村日用大全》為2006年、新聞出版總署、農業部推薦的150種“三農”優秀圖書之一。2004年被新聞出版總署評為全國服務“三農”先進出版單位，2006年被新聞出版總署評為全國新聞出版行業服務社會主義新農村建設出版發行先進集體。2006年12月被國家人事部、新聞出版總署授予全國新聞出版系統先進集體。

云南科技出版社每年出版圖書300余種，累計出版圖書4000多種，其中500多種次圖書獲得包括全國三大獎在內的省部級以上各類圖書獎勵。其中兩本學術專著獲得2007年第一屆新聞出版總署“三個一百”原創圖書獎。